Kauno „Šilo“ pradinė mokykla įkurta 1993 m. Aukštosios Panemunės mikrorajone. Kauno miesto valdybos potvarkiu 1992-04-013 Nr. 435 Kauno Panemunės pradinė mokykla reorganizuota į Panemunės ir Kauno „Šilo“ pradines mokyklas. Mokykloje yra 12 klasių komplektų.
Nuo pat mokyklos įkūrimo visas ugdomasis, kūrybinės raiškos bei dvasinio tobulėjimo darbas remiasi Lietuvių tautinės kultūros vertybių perimumu, susiejant ugdymo procesą su etninės kultūros paveldu, integruojant jį į ugdymo turinį. „Šilo“ pradinė mokykla tapo unikalia, išskirtine, etninę kultūrą puoselėjančia mokykla.
Visose klasėse vyksta etnokultūros užsiėmimai. Kauno „Šilo“ pradinė mokykla sėkmingai teikia pradinį išsilavinimą, įgyvendina neformaliojo švietimo programas. Mokykloje jauku ir saugu. Pastatas pritaikytas pradinei mokyklai. Dauguma klasių turi žaidimų kambarius. Mokykloje yra aktų ir sporto salės, biblioteka, anglų kalbos, logopedinis, psichologo, socialinio pedagogo kabinetai, nusiraminimo kambarys, valgykla. Mokykloje įgyvendinamas Visos dienos mokyklos modelis. Mokyklos patalpose veiklą vykdo virš 30 neformaliojo švietimo būrelių. Mokiniai po pamokų gali pasirinkti veiklas būreliuose arba visos dienos mokyklos grupėje.
Mokykla artimai bendradarbiauja su Lietuvos, Kauno miesto bei Panemunės seniūnijos ugdymo įstaigomis, Panemunės senelių namais, Panemunės seniūnija, Tautinės kultūros centru, Algio Žikevičiaus saugaus vaiko mokykla.
